Los suizos terminaron la primera fase con seis puntos, uno menos que Francia, que ganó la serie tras igualar 0-0 con Ecuador.
La selección ecuatoriana se despidió de la Copa al sumar solamente tres unidades, mientras que Honduras no consiguió puntos después de tres derrotas.
Shaqiri registró su tripleta a los seis, 31 y 70 minutos del partido disputado en la Arena Amazonia en Manaos.
El primer gol de los suizos cayó con un zurdazo de Shaqiri que se coló en el ángulo superior derecho de la portería defendida por Noel Valladares.
Tres minutos antes, Valladares había salvado su meta al tapar con los pies un remate del propio Shaqiri en el área chica.
El delantero de Bayern Munich de Alemania metió su doblete cuando culminó un contragolpe al definir sobre la salida de Valladares tras pase de Josip Drmic.
La misma fórmula del contragolpe les dio resultado a los suizos cuando inspirado Shaqiri volvió a definir con un zurdazo dentro del área tras pase de Drmic.
Honduras intentó responder en la parte complementaria a través de Jerry Bengtson, quien a los 49 minutos no logró conectar un centro enviado desde el sector izquierdo y tres minutos después vio frustrado su gol cuando Ricardo Rodríguez desvió el remate del hondureño antes de que el balón cruzara la línea de gol.
De esta manera, Suiza enfrentará el martes 1º de julio a Argentina que mas temprano clasificó a la ronda de los 16 mejores al ganar el Grupo F.