Su popularidad tuvo alcance global, algo inusitado para un mandatario uruguayo, aunque en su propio país de 3,4 millones de habitantes su legado genera controversias. 

Esto, sumado al hecho de que vistiera siempre de manera informal, se lo viera a menudo conduciendo su Volkswagen "escarabajo" celeste de 1987 y donara gran parte de su salario, hizo que algunos medios lo llamaran "el presidente más pobre del mundo".

Mujica, en su casa en las afueras de Montevideo, junto a su esposa Lucía Topolansky.

Pero Mujica, conocido por el apodo de "Pepe", siempre rechazó ese título.

"Dicen que yo soy el presidente pobre. No, yo no soy presidente pobre", dijo en aquella entrevista en su casa.

"Pobres son los que quieren más, los que no les alcanza nada", añadió. "Esos son pobres, porque se meten en una carrera infinita. Entonces no les va a dar el tiempo de la vida ni nada".

Aunque muchos solían verlo como alguien ajeno a la clase política, Mujica nunca fue un outsider de esa actividad.

Decía que su pasión por la política, así como por los libros o la tierra, se la transmitió su madre, que lo crió en un hogar de clase media junto a su hermana menor: el padre de ambos murió cuando él tenía 8 años.

De joven fue militante del Partido Nacional, una de las fuerzas políticas tradicionales de Uruguay, que más tarde sería oposición de centroderecha a su gobierno.
Durante su mandato, con un contexto internacional bastante favorable, la economía uruguaya creció a un promedio anual de 5,4%, se redujo la pobreza y el desempleo se mantuvo en niveles bajos.

Pese a la prédica de Mujica sobre la austeridad, su gobierno también aumentó significativamente el gasto público, lo que amplió el déficit fiscal y llevó a sus opositores a acusarlo de despilfarro.

Además fue criticado por no haber podido revertir los crecientes problemas en la educación uruguaya, aunque había prometido que la enseñanza sería una prioridad máxima de su gestión.

Sobre su presidencia, Mujica se reprochaba no haber logrado eliminar la pobreza en Uruguay; sus críticos lo acusaban de haber aumentado el déficit fiscal.
Sin embargo, días después de haber dejado la presidencia sostuvo que su peor cuenta pendiente era que en Uruguay aún hubiera pobreza.

"¿Por qué no lo cambié? Porque la realidad es terca", dijo en una charla con la audiencia global de la BBC, donde le llovieron preguntas de países vecinos y lejanos, como Irán, Indonesia o Azerbaiyán.

Cuando terminó su gobierno, Mujica tenía un alto índice de popularidad doméstica (próximo al 70%) y fue electo senador, pero también dedicó parte de su tiempo a viajar por el mundo.